331 Skvadron ble grunnlagt i England 21. juli 1941 som den første norske jagerflyskvadron i Royal Air Force (RAF). Opprettelsen fant sted på RAF Catterick i Yorkshire med Hawker Hurricane Mk I jagerfly. Skvadronen ble en ren norsk avdeling der en del av personellet hadde kamperfaring fra Hærens Flyvåpen i Norge og fra avdelinger i RAF. Allerede i August 1941 dro 331 til RAF Castletown i Skottland, nå med Hurricane Mk IIB, men flyttet i september videre til RAF Skeabrae på Orkenøyene. Her konverterte avdelingen til Supermarine Spitfire, først MK IIA, deretter Mk VB, før skvadronen i mai 1942 ble lagt til RAF North Weald utenfor London. Herfra opererte 331 med offensive tokt over kontinentet, foruten forsvar av eget luftrom og eskortering av allierte bombefly. Fra september 1942 startet 331 Skvadron utskifting til Spitfire MK IX og mottok senere stor anerkjennelse under hele felttoget gjennom Europa fram mot frigjøringen. 331 Skvadron kom hjem til et fritt Norge 22. mai 1945 hvor den ble mottatt av daværende kronprins Olav på Gardermoen. Mange av mannskapene dimmiterte etter hvert, og skvadronen fikk status som «Feltfly-ving» fram til mars 1947.
331 mottok i mai 1948 de Havilland Vampire F Mk 3, som den første avdelingen i Luftforsvaret med jet jagere. Disse flyene ble skilt ut som egen skvadron (336) ett år senere. Resten av 331 flyttet til Værnes flystasjon med sine velbrukte Spitfire inntil flyene ble tatt ut av tjeneste i november 1951. 331 Skvadronen ble oppsatt med Republic F-84G Thunderjet i august 1952, denne gang på Sola flystasjon. I august 1955 flyttet avdelingen til Bodø flystasjon som skulle bli dens fremtidige tilholdssted. I juni 1958 konverterte 331 til North American F-86F Sabre, før et meget langt steg fremover ble tatt med innføringen av Lockheed F-104G Starfighter i august 1963.
Nok et stort fremskritt ble det da skvadronen i juni 1981 mottok de meget avanserte General Dynamics F-16A Fighting Falcon. Oppdatering av F-16 til F-16 MLU kom i 1998 og har pågått kontinuerlig helt frem til i dag.
F-16 operasjoner
331 deltok på slutten av operation «Allied Force» på Balkan i 1999, og fløy CAP over Bosnia og Albania fra Grazzanise i Italia. I 2002 deltok 331 igjen i krigsoperasjoner. Denne gang var 331 med i den første norske deployering til Ganci Airbase i Kirgisistan som en del av «Operasjon Enduring Freedom» i Afghanistan frem til 2003. Her fløy skvadronen for første gang i offensive operasjoner etter andre verdenskrig. I 2006 var 331 skvadron tilbake i Afghanistan og deltok på «Operation Afghan Falcon».
I 2011 deltok 331 på nytt i offensive operasjoner, denne gang fra Kreta i Hellas mot mål i Libya i forbindelse med operasjonene «Odyssey Dawn» og «Unified Protector». Skvadronene slapp i gjennom denne halvårs-perioden til sammen 569 bomber, tilsvarende ca. 20% av NATOs bidrag i operasjonene.
331 Skvadron i dag
331 skvadron står i dag for QRA (Quick Reaction Alert) ved Bodø Hovedflystasjon. To stk F-16 står koninuerlig på 15 minutters NATO-beredskap, 24 timer i døgnet, 365 dager i året. Som luftforsvarets eldste jagerflyskvadron med lange tradisjoner i avskjæringsrollen, og nå med nye offensive oppgaver, opprettholder 331 Skvadron stadig sitt ry som Forsvarets spydspiss mot nord.